Thời nhà Thanh

Người Mãn, vốn là các bộ tộc bán du mục ở miền đông bắc Trung Quốc ngày nay, bành trướng mãnh liệt đế quốc Thanh mà họ lập ra vào năm 1644, sáp nhập Mông Cổ, Đông Turkistan (Tân Cương), và Tây Tạng. Quân Mãn Châu xâm chiếm Dzungaria năm 1759 và cai trị vùng này cho tới năm 1864. Trong thời kỳ này, người Uyghur vùng dậy 42 lần chống lại ách thống trị của nhà Thanh. Trong cuộc nổi dậy năm 1864, người Uyghur thành công trong việc đánh đuổi bộ máy quan lại của nhà Thanh khỏi Đông Turkistan, và thành lập vương quốc Kashgaria độc lập, gọi là Yettishar (nghĩa là "vương quốc của bảy thành phố"). Dưới sự lãnh đạo của A Cổ Bách, quốc gia này bao gồm Kashgar (Khách Thập), Yarkand (Toa Xa), Hotan (Hòa Điền), Aksu (A Khắc Tô), Kucha (Khố Xa), Korla (Khố Nhĩ Lặc) và Turfan (Thổ Lỗ Phan)). Vương quốc này được Đế quốc Ottoman công nhận năm 1873, Đế quốc Nga năm 1872, và Vương quốc Anh năm 1874, thủ đô đặt tại Kashgar.

Nhà Thanh điều động một lực lượng quân lớn dưới quyền chỉ huy của tướng Tả Tông Đường tấn công Đông Turkestan năm 1876. Lo ngại khả năng Nga hoàng bành trướng sang Đông Turkestan, Anh ủng hộ quân Mãn Châu bằng cách cung cấp các khoản vay thông qua nhà băng Anh (phần lớn qua Boston Bank, HSBC đặt tại Hồng Kông). Sau cuộc xâm lược này, Đông Turkestan bị đổi tên thành "Tân Cương", nghĩa là "cương vực mới", và bị sáp nhập vào đế quốc Mãn Châu ngày 18 tháng 11 năm 1884, trở thành một tỉnh của Trung Quốc.

Thời Cộng hòa

Tới năm 1920, chủ nghĩa dân tộc của người Uyghur đã trở nên một thách thức đáng kể cho nhà Thanh, và sau đó là các lãnh chúa quân phiệt Trung Quốc thời kỳ Cộng hòa kiểm soát Tân Cương. Nhà thơ Abdulhaliq xứ Turpan, sau khi sống thời tuổi trẻ tại các trung tâm tri thức Semey (Semipalatinsk) và Jadid tại Uzbekistan, trở về Tân Cương với bút danh Uyghur. Ông viết bài thơ yêu nước Oyghan, mở đầu bằng dòng "Ey pekir Uyghur, oyghan!" (hỡi những người Uyghur khốn cùng, hãy tỉnh dậy!). Ông bị lãnh chúa người Hán là Thịnh Thế Tài xử tử tại Turpan tháng 3 năm 1933 vì tội làm dấy lên tư tưởng dân tộc của người Uyghur qua các tác phẩm của mình.

Những người đấu tranh cho nền độc lập của người Uyghur tiến hành vài cuộc nổi dậy chống lại sự cai trị hậu Thanh của lãnh chúa quân phiệt Thịnh Thế Tài và Quốc dân đảng. Hai lần liền, trong các năm 1933 và 1944, người Uyghur nổi dậy nhưng đều bị thất bại trong nỗ lực thiết lập các quốc gia độc lập: Cộng hòa Đông Turkestan, và Cộng hòa Uyghurstan, hoặc là Cộng hòa Hồi giáo Đông Turkestan.

Cộng hòa Đông Turkestan có tính thế tục, xã hội chủ nghĩa và đa sắc tộc, với những người sáng lập bao gồm người Kazakh, Uzbek, Hán, Kyrgyz, Nga, cũng như Uyghur, và được Joseph Stalin ủng hộ.

Năm 1949, sau khi phe Quốc gia tại Trung Quốc thất trận, các nhà lãnh đạo Đông Turkestan chấp thuận hình thức hợp bang với Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa dưới sự lãnh đạo của Mao Trạch Đông. Tuy nhiên, một vụ tai nạn máy bay khiến cho phần lớn ban lãnh đạo Cộng hòa Đông Turkestan tử nạn trên đường tới Bắc Kinh đàm phán điều kiện thành lập hợp bang. Vụ rơi máy bay này có lúc được cho là âm mưu của Mao Trạch Đông, vì ngay sau khi vụ tai nạn xảy ra, tướng Vương Chấn nhanh chóng hành quân vượt sa mạc vào Tân Cương, đàn áp lực lượng thân Quốc dân đảng và các cuộc nổi dậy của người thiểu số.

Bộ phận lãnh đạo còn lại của Cộng hòa Đông Turkestan dưới quyền tướng Saifuddin Azizi nhanh chóng quy thuận các điều kiện Mao Trạch Đông đặt ra, biến Tân Cương thành Khu tự trị dân tộc Uyghur Tân Cương, quân đội thì sáp nhập vào Quân giải phóng Nhân dân Trung Quốc, Saifuddin Azizi thì nắm chức vụ bí thư đảng cộng sản tại đây. Rất nhiều người trung thành với Cộng hòa Đông Turkestan, bất mãn với sự phản bội của Saifuddin, đi tị nạn tại Thổ Nhĩ Kỳ và các quốc gia phương Tây. Tuy nhiên nhiều người khác ở lại, tổ chức các hoạt động chống đối nhằm tái lập một quốc gia độc lập tại Tân Cương. Không bao lâu sau đó, tên gọi Đông Turkestan bị xóa bỏ bởi sự kiểm duyệt của chính quyền Trung Quốc.